A hűsítő atlanti áramlatnak köszönhetően az Egyenlítőhöz közeli perui partoknál télen csakúgy, mint a déli nyár során, gyakran látható néhány pingvinkolónia. Ennek ellenére ezeket az állatokat sérülékenynek vagy éppen a kihalás szélén állónak tartják nemzetközi szervezetek, és Peru, valamint Chile kormánya is.

Chilében a pingvinekre 1995 óta 30 éves vadászati és befogási moratórium van érvényben, és a körülbelül 11 ezer példányt számláló négy legfontosabb kolóniát védelem alá helyezték. Peruban ugyanezen állatok száma a "pingvinnépszámlálás" eredményei szerint csak 4390. Legtöbbjük a Limától délre eső Ica körzetében él, ahol a Paracasi Nemzeti Park is található.

A perui teljes pingvinnépesség 39 százaléka az icai San Juan de Marconában él, ez a terület az új nemzeti parkhoz tartozik majd.

A háromkilós súlyt elérő, átlagosan 72 centiméter magas úszómadaraknak a száma 2004 és 2006 között majdnem a duplájára emelkedett ugyan, de még mindig a kihalás veszélye fenyegeti őket.

A legnagyobb veszélyt nem a dél-amerikai vizeket felmelegítő El Nino áramlat jelenti számukra, hanem az ember. Évente 3-500 pingvin pusztul el a halászok hálóiban. A másik veszélyt a guanó, azaz a madárürülék - a XIX. század végének fehér aranya - "begyűjtése" jelenti számukra, mert ezek a madarak a guanószigeteken szoktak fészkelni, az emberek viszont mezőgazdasági célokra használják a madártrágyát.

Ezért a Természeti Erőforrások Országos Intézete és más természetvédők azt javasolják, jelöljenek ki egy 120 ezer hektáros, 23 szigetből és 11 földnyelvből álló védett területet, ahol tilos a guanót összegyűjteni.

A kezdeményezés mellett érvelve Miguel Lleellish hangsúlyozta, hogy a magántulajdonban lévő Antamina bányatársaságnak több, a Humboldt-pingvinek védelmére irányuló programja is folyamatban van.

A Humboldt-pingvin neve az élőhelyének közelében található Humboldt-áramlatra utal. Mint minden pingvin, ez a faj is a tenger közelében él, csak fészkelni jár a partra. A Wikipédia internetes enciklopédia adatai szerint a vadon élő populációk kétharmada Chile, fennmaradó része pedig Peru csendes-óceáni partvidékén és szigetein fordul elő, a déli szélesség 5-42 foka között, zömmel a trópusi éghajlati övben. Ennél északabbra csak az Egyenlítő mentén élő Galápagos-pingvin fordul elő a pingvinek csoportján belül.