Legismertebb munkája, az 1980-ban kiadott A hiány igazolta, hogy a krónikus hiány jelensége a szocializmus velejárója, s ebben vezette be a puha és kemény költségvetési korlát fogalmát. A szocializmusban a vállalatok felhalmozhatnak veszteségeket, mert tudják, hogy a végén úgyis megmenti őket az állam - miközben a "tiszta" kapitalizmusban kemény a költségvetési korlát: a veszteségek csődhöz vezetnek. Kornai már ekkor kétségbe vonta, hogy a klasszikus szocializmust meg lehet úgy reformálni, hogy piacgazdasággá váljék. Aki az állam, a közösség pénzét költi, az kevésbé fékezi magát, mint aki a sajátját - hirdeti Kornai.
Sokat vizsgálta a szocializmusból a kapitalizmusba való átmenet kérdéseit. Az 1989-90-es fordulat idején a szerves átalakítást támogatta, olyan magántulajdonosi szervezetet, amelynél van egy fő tulajdonos, aki stratégiai befektetőként jelentős tőkével támogatja a vállalatot (a másik irányzat a privatizáció gyors lebonyolítását szorgalmazta). Ő is tévedett egyes előrejelzéseiben, például a bekövetkezett recesszió mélységét illetően: a régi torz struktúra lebontása gyorsan ment, de az új megteremtése sokkal lassabban.
A jóléti szektor reformjában nem a gazdasági hatásokat tartja a leglényegesebbnek, hanem az állam és az állampolgár közötti viszony újrarendeződését, valamint azt az elvet, hogy az államnak a leginkább rászorultakon kell segítenie. Az egészségügy finanszírozásáról azt tartja: nincs jó, csak kevésbé rossz megoldás, mert mindegyiknek megvan a maga hibája. Piacgazdaságban normális, hogy a magántőke az egészségügyi szektorban is befektessen, de ténykedésüket csak kellő szakképzettség, engedély és megfelelő szakmai felügyelet mellett engedélyezné.
Jelenleg a Harvard Egyetem professzora, az MTA Közgazdaságtudományi Bizottságának tagja, és a Collegium Budapest vezető kutatója, a Közgazdasági Szemle szerkesztőbizottsági tagja, az amerikai, a brit, a svéd és a finn tudományos akadémia külföldi tagja, több külföldi egyetem díszdoktora, művei tíz nyelven olvashatók. Munkásságáért 1983-ban megkapta az Állami-díjat és a német Alexander von Humboldt-díjat, 1994-ben Széchenyi-díjjal tüntették ki, 1997-ben megkapta a francia Becsületrend tiszti fokozatát és Budapest díszpolgára.
