A lap, amely kormányzati forrásokra hivatkozott, úgy tudja, hogy Gates, aki Donald Rumsfeldtől vette át a Pentagon vezetését, elsősorban a táborhoz kötődő, világszerte "beszennyezett imázs" miatt záratná be a tábort és ebben az elképzelésében támogatásra talált Condoleezza Rice külügyminiszter személyében. Ugyanakkor nem sikerült meggyőznie George Bush elnököt.

A The New York Times arról is beszámolt, hogy Gates heteken keresztül próbálta elérni, hogy a Guantánamón fogságban tartott feltételezett terroristák elleni pereket, a nagyobb hitelesség érdekében, az Egyesült Államok területén rendezzék. Alberto Gonzales igazságügy-miniszter és Dick Cheney alelnök azonban kategorikusan elutasította a védelmi miniszter javaslatait.

A Pentagon adatai szerint 2006 végén több mint 400 afganisztáni tálibot, illetve mintegy negyven különböző nemzetiségű, állítólagos al-Kaida-tagot őriztek a kubai bázison.