Az ellenzéki politikus azt mondta: elsősorban a névadó személye miatt utasítják el az intézet létrejöttét. Miközben az intézet célja az emberi és polgári jogok, a kisebbségek helyzetének, a közép-európai történelmi megbékélésnek, valamint a transzatlanti kapcsolatoknak a vizsgálata - mondta - Gyöngyösi Márton, "Tom Lantos asszisztált ahhoz, hogy hamis érvek, hazugságok alapján az Egyesült Államok elindítsa a háborút Irak ellen", és "Ceausescu román diktátor barátjaként" közbenjárt a román rendszer kedvezőbb amerikai vámbesorolásáért.
A Jobbik szerint "ilyen emberről" elnevezni egy ilyen céllal, közpénzből létrehozott intézményt, "több mint felháborító."

Az ellenzéki párt kifogásolja azt is, hogy az intézet megnyitóján részt vesz Hillary Clinton, az amerikai diplomácia vezetője és Condoleezza Rice volt amerikai külügyminiszter is. Gyöngyösi Márton szerint "ez a két diplomata felelős azért, hogy az Egyesült Államokban jelenleg is olyan emberi jogokat tipró intézkedések vannak érvényben, mint például a halálbüntetés, vagy a guantánamói fogolytábor."

A jobbikos politikus egy transzparenst is felmutatott a sajtótájékoztató végén, amelyen az szerepelt: "Tom Lantos soha nem lesz a magyarok példaképe."

A Tom Lantos Intézet a néhai magyar származású amerikai képviselőnek, a képviselőház külügyi bizottsága vezetőjének állít emléket.