A Bolyai János Kutatási Ösztöndíj Kuratóriumának volt elnökét, a Tudományos Ismeretterjesztő Társaság (TIT) alelnökét az Akadémia saját halottjának tekinti.
Gergely János kutatási területe az immunrendszert szabályozó funkciók voltak.
1971-78-ban a Magyar Immunológiai Társaság főtitkára, 1986-ig pedig a szervezet elnöke. 1978-80 között a magyar tudós az Európai Immunológiai Társaságok Szövetségének alelnöke volt, majd 1983-ig a szervezet elnöki tisztét töltötte be. 2000 óta a TIT alelnöke.
Gergely Jánost 1982-ben választotta levelező tagjává, 1990-ben pedig rendes tagjává a Magyar Tudományos Akadémia.
Tudományos tevékenysége elismeréseként számos szervezet, így az Academia Europeae ( London), a Román Orvostudományi Akadémia, a Brit Immunológiai Társaság, a Német Klinikai és Kísérleti Immunológiai Társaság, valamint a Skandináv Immunológiai Társaság választotta tiszteleti tagjává.
Gergely Jánost 1992-ben Széchenyi-díjjal tüntették ki "az immunológiai területeken folytatott igen sikeres tevékenységéért." 2006-ban elnyerte a Pro Renovanda Cultura Hungariae Alapítvány fődíját. Ugyancsak 2006-ban tüntették ki a Magyar Köztársasági Érdemrend középkeresztjével.
