Az új püspök 1964. június 7-én Budapesten született. Felsőfokú tanulmányait az esztergomi Érseki Papnevelő Intézetben, a Pázmány Péter Katolikus Egyetem Hittudományi Karán, illetve Betlehemben folytatta. 1991. március 2-án szentelték pappá.

Székely János pappá szentelését követően előbb káplán volt Érsekvadkerten, majd 1995-ben szaklicenciátust szerzett Rómában a Pápai Gergely Egyetem mellett működő Biblikus Intézetben.
1996-1998-ig plébános-helyettes volt Budapest-Erzsébetvárosban. Közben teológiai doktorátust szerzett a Pázmány Péter Katolikus Egyetem Hittudományi Karán. 1998-2001 között plébános lett Budapest-Széphalmon, 2001-2005-ig pedig a Központi Papnevelő Intézet spirituálisa volt.
2004-ben habilitált a Pázmány Péter Katolikus Egyetemen.

2005-2006-ig a budapesti Örökimádás templom templomigazgatójának tisztét látta el.
Székely János több teológiai, biblikus és lelkiségi írás szerzője, jelenleg a Pázmány Péter Katolikus Egyetem Hittudományi Karán az Újszövetség tanszék docense, az Esztergomi Hittudományi Főiskola tanára, 2006-tól rektora, az esztergomi Szent Anna-plébánia plébánosa.

2007-től az Esztergom-Budapesti Főegyházmegyében a társadalmi-oktatási-kulturális szakterület püspöki helynöke.