Majdnem két évtizeddel ezelőtt egy kiváló fiatal katona jelentkezett egy kísérleti kiképzőprogramba, miután közölték vele, hogy terroristák megölték az apját.

 Azt ígérték neki, nagy szolgálatot tehet a családjának és a hazájának, ha szinte elképzelhetetlenül magas szintre fejlesztik az intelligenciáját, az állóképességét és a harci tudását.

Ez mind hazugság volt. Brutális kiképzésnek vetették alá, amelyre később nem emlékezett, ahogyan a program vezetőit sem tudta azonosítani. A Jason Bourne-nak nevezett szupergyilkos 100 millió dollárt érő emberi fegyverré vált, amelynél azonban, legalábbis gazdái szerint, működési hiba lépett fel.

Amikor Bourne felkutatta gazdáit, hogy megtudja, mire megy ki a játék, megpróbálták elpusztítani, és megölték az egyetlen nőt, akit szeretett. Miután sikerült bosszút állnia, és kiderült, hogy kicsoda ő és vélhetően mi volt a program kiötlőinek szándéka, Bourne megbékélt sorsával és eltűnt... reményei szerint mindörökre.

Ám új programot indítanak be, amelyet egy sokkal bonyolultabb és alattomosabb globális szerveződés fejlesztett ki, mint amilyen Bourne kiképzésén fáradozott. Bourne-t kifüstölik rejtekhelyéről. A minden kormánynál veszedelmesebb hálózat egyetlen célja, hogy terrorral, technológiával és felkelések szításával beteljesítse, amit elkezdett.

Míg üldözői úgy gondolják, hogy Bourne-t sikerül visszahozni és újra lehet kondícionálni, egy dolgot képtelenek felfogni: még a megtört harcosok is az ártatlanok védelmére kelnek az elszabadult hatalommal szemben.