Súlyos hátrányban vannak az egyházi kórházak az állami, önkormányzati tulajdonú intézményekhez képest. A finanszírozás két csatornája közül az amortizációs pótlással ugyanis nem számolhatnak. "A társadalombiztosítási kasszából járó pénzt mindenütt a gyógyításra kell fordítani, de nekünk nem jár állami támogatás az épület karbantartására, műszerek beszerzésre" – mondta Velkey György, a Református Egyház Bethesda Gyermekkórházának főigazgatója a Magyar Hírlapnak.

Az orvos méltánytalannak tartja a helyzetet, mert – mint mondta – Magyarország négy egyházi kórházát világnézettől, illetve felekezettől függetlenül veszik igénybe a betegek. "A katolikus, a református és az izraelita felekezet a saját pénzét csoportosítja át – mutatott rá –, hogy a gyógyító intézményeit fenntarthassa, mert nem részesülnek az adóbevételekből" - olvasható a lapban.