Roberto Samayoa helyi üzletember és búvár, akinek gyerekkorában nagyanyja sokat mesélt egy elsüllyedt szentélyről, sok éven át kutatott a tóban. Többször talált ősi, a maja preklasszikus korból származó cserépedényeket, 1996-ban pedig sikerült felfedeznie épületmaradványokat és óriási áldozati köveket.

Az üzletember önmaga tiszteletére Samabajnak keresztelte el a helyszínt. Sokáig senki sem hitt a férfinak, s csupán tavaly kezdték a merülést a professzionális búvárok, akik szonárral (visszhangszondával) térképezték fel a 400 négyzetméteres területet.

A kutatók szerint a 15 méter mélységben nyugvó helyszín egykoron egy sziget volt, míg valamilyen természeti csapás - vulkánkitörés, vagy földcsuszamlás nyomán a tó vízszintje meg nem emelkedett, s el nem nyelte a zarándokhelyet.

Feltételezések szerint az esemény Kr.u. 250 táján, a maja civilizáció virágkorában következhetett be. Abból ítélve, hogy a kerámiaedények épségben fennmaradtak, arra lehet következtetni, hogy az emberek sietve távoztak.

A kutatásokat irányító Sonia Medrano régész szerint a szigeten aprócska házak maradványait fedezték fel, amelyek másfélszáz embernek nyújthattak menedéket. Számtalan "kegytárgyat" is találtak, ami arra utal, hogy Samabaj zarándokhely volt.
Az emberek valószínűleg a környező területről érkeztek, s a parton csónakot béreltek, hogy átjussanak a szigetre.

A kutatások a zöldes, homályos vízben nehezen haladnak, s nem könnyű felfedezni a leleteket a több évezredes üledékrétegben. A helyszín pontos hollétét titokban tartják, hogy megóvják a felbecsülhetetlen értékű leleteket a kincsvadászoktól.