A per többi vádlottját, Kopácsi Sándort, a nemzetőrség helyettes vezetőjét életfogytiglani, Donáth Ferenc szocialista politikust 12 évi, Jánosi Ferencet, Nagy Imre vejét 8 évi, Tildy Zoltánt, Nagy Imre államminiszterét 6 évi, Vásárhelyi Miklóst, Nagy Imre sajtófőnökét 5 évi börtönbüntetésre ítélték. A népbírósági tanács vagyonvesztésre is ítélte a vádlottakat, és az életben maradókat nyolc-tíz évre eltiltotta a közügyek gyakorlásától.
Vida Ferenc, a tanács elnöke a hangfelvételek tanúsága szerint azt hangsúlyozta, hogy a vádlottak mindegyikét, igaz különböző mértékben, de bűnösnek találta a népi demokrácia megdöntését célzó szervezkedés vezetésében vagy a szervezkedésben való részvételben, illetve összeesküvésben, Maléter Pállal szemben pedig ezen kívül a kémkedés és a zendülés vádja is bebizonyosodott szerinte.
Az ítélet indoklásában a bíró felhozta, hogy Nagy Imre már 1955 végén megkezdte az államellenes összeesküvését, körülötte jelentékeny pártellenzéki és értelmiségi csoport alakult ki, amely a szocializmus felszámolását tűzte ki célul. Ugyanígy bebizonyítottnak mondta az ítélet a hangfelvétel szerint Nagy Imre befolyásának növekedését a Petőfi Körben és az Írószövetségben, valamint megállapította, hogy "jobboldali, elhajló nézeteit az Öt alapelv című programban tette közzé".
Ezzel a ténykedésével Nagy Imre utat nyitott a sovinizmusnak és a demagógiának, amellyel "a tényleges hibákat felnagyították" - hangzott el ötven évvel ezelőtt - és ez az akció aztán 1956 nyarán és őszén felerősödött. A "szervezett, zárt csoporttól" Nagy Imre elvárta, hogy utasításait konspiratív módon hajtsák végre - mondta a bíró, aki külön megemlítette a jugoszláv nagykövetséggel kialakított szoros kapcsolatot, amelyet a vád tanúi szerinte alátámasztottak.
Vida szerint 1956. október 23-án kihasználta a Nagy Imre-kör a forradalom adta lehetőségeket, és átvette a hatalmat, ezután október 28-án pedig ráerőltette akaratát a pártvezetésre, amely forradalomnak és szabadságharcnak nyilvánította az eseményeket. Az ítélet azt is a szemére vetette a Nagy Imre-körnek, hogy a nemzetőrségbe október 30-tól felkelőket soroztak javarészt, majd mintegy háromezer embert letartóztattak. Nagy Imre súlyos bűne volt továbbá - állította a bíróság -, hogy november 4-én a szovjetek elleni harcra buzdított.
Maléter Pállal szemben kimondta az ítélet indoklása, hogy már október 28. előtt átállt a felkelőkhöz, és köze volt a Köztársaság téri pártszékház ostromához. Bűne volt továbbá az ítélet szerint, hogy a Budapestre vezető utakat elzárta a szovjet katonák előtt.
Gimes Miklóssal szemben azt hozta fel az ítélet indoklása a felvétel tanúsága szerint, hogy az "ellenforradalom" leverése után az illegális Magyar Demokratikus Függetlenségi Mozgalom élére állt, valamint szerkesztette az Október huszonharmadika című, a Kádár-rendszerrel szembehelyezkedő lapot. A bírói ítélet az enyhítő körülmények figyelembe vétele ellenére is csak halálbüntetés kiszabása lehet - mondta a bíró.
Nagy Imre az utolsó szó jogán azt mondta: "A halálos ítéletet a magam részéről igazságtalannak tartom (...), elfogadni nem tudom. Egyetlen vigaszom az (...), hogy a magyar nép és a nemzetközi munkásosztály felment a súlyos vádak alól, amelyekért nekem életemet kell áldoznom. Úgy érzem, eljön majd az idő, amikor igazságot lehet szolgáltatni az én ügyemben. Kegyelmet nem kérek. Úgy érzem súlyos tévedés, bírói tévedés áldozata vagyok."
Maléter Pál és Gimes Miklós kegyelmet kért.
A hangfelvétel lejátszása után Gálffi László színművész felolvasta az 1958. június 16-án éjfélkor a Kossuth Rádión leadott közleményt a bírói ítéletről, amely egyúttal azt is tartalmazta, hogy az ítéletet végrehajtották.
A vasárnap záróprogramon megjelent többek között Mécs Imre egykori 1956-os halálra ítélt és Rácz Sándor, a Budapesti Munkástanácsok 1956-os elnöke.
Az esemény végén egy idős férfi a közönségből néhány mondatban hangosan kifejtette, hogy a politikusoknak ebből a perből tanulniuk kellene, Gonda László, a Magyar Nemzeti Bizottság 2006 - a Kossuth téri tüntetőket tömörítő szervezet - ügyvivője pedig bekiabálta, hogy hétfőn a "gyilkosok és az árulók" koszorúznak a Nagy Imre-szobornál, de ők is ott lesznek.
Nagy Imrén és két társán 1958. június 16-án hajnali öt órakor hajtották végre az ítéletet. A kivégzés után az összedrótozott, kátrányba tekert holttesteket arccal lefelé koporsóba tették, majd jeltelenül elföldelték a börtön sétálóudvarán. A holttesteket tartalmazó koporsókat 1961. február 24-én szállították át a rákoskeresztúri Új köztemető 301-es parcellájába, ahol hamis nevek alatt - Nagy Imrét Borbíró Piroska néven - jeltelen sírba helyezték őket. A sírokat 1989 tavaszán azonosította az exhumálást végző bizottság.
