Az eredetileg 1891-ben készült nagyorgona mintegy százmillió forintos, három éven át tartó rekonstrukciót követően lesz újra hallható.
A munkálatok során a kivitelező Pécsi Orgonaépítő Manufaktúra harminccal bővítette a regisztereket, azaz a hangszínszabályzókat és növelte a sípok számát, közülük a régieket felújította, cserélte. Így a ma már kilencven regiszteres orgonának 6101 sípja van, melyek közül a legkisebb öt milliméter, a legnagyobb öt méter magas.
Mayer Mihály korábban, a beruházást megelőzően arról tájékoztatott: az átépítés külön érdekessége, hogy az az orgona eredeti, majd a későbbi, 1910-es és 1970-es tervei alapján valósul meg. Ennek oka, hogy az eredeti elképzelések szerint az orgona eleve kilencven regiszteres lett volna, de erre eddig nem volt elég pénz. A felújítást követően azonban olyan hangon szólalhat meg, ahogy azt több mint száz éve megálmodták.
A dóm orgonája eredeti állapotában a híres orgonakészítő mester, Angster József századik hangszereként készült el. Először 1891-ben, a bazilika rekonstrukciót követő újrafelszentelésekor szólalt meg. Azóta kétszer építették át. 1997-ben a kor elvárásainak megfelelően digitális játszóasztallal és vezérlő elektronikával szerelték fel.