Kezdetben 4 orvos és 10 irgalmasrendi vincés nővér látta el a betegeket. A műtő az emeleten helyezkedett el.
A megnyitáskor a főorvos fizetése évi 1000, az alorvosé 480, a szülésznőé 360, az ápolónővéré 300 korona volt. A gondnok évi 800 koronát kapott. Az orvosi fizetés nagyjából azonos volt egy hajógyári jó szakmunkáséval.
A belgyógyászati, a sebészeti és a szülészeti osztályokkal rendelkező, mintegy 80 ágyas intézmény a Szent János Kórház részlegeként működött, ez hosszú évtizedekig meghatározta gazdasági helyzetét. Ennek ellenére emberileg és szakmailag kiváló orvosi karral kezdte meg és folytatja működését mind a mai napig. A kórház színvonalára jellemző, hogy az akkori idő világújdonságát, a röntgenvizsgálatokat már 1903-ban sikeresen alkalmazták.
A kórház felszereltsége egy idő után elavult, nem tudta már ellátni a megnövekedett létszámú betegeket. A fejlesztést a történelmi események, és az önálló pénztárkezelés hiánya is többször megakadályozta, bár a kórház fenntartói mindent elkövettek, hogy a hiányosságokat pótolják, például az olcsóbb élelmezés érdekében nagy veteményeskertet műveltek és disznókat hizlaltak a II. világháború előtt.
A 30-as évek végén közel megduplázódott ágyszámhoz 13 kád, 4 zuhany, 12 WC és 7 vizelde tartozott.
1944 nyarán a háborús körülmények miatt katonai kórházzá alakították. Budapest ostroma alatt az épületek és a berendezés nagy része súlyos károkat szenvedett. A Szent Margit Kórház 1950-ben vált önálló intézménnyé.
Óbuda lakosságának nagymérvű növekedése következtében a kórház egyre szűkebbnek bizonyult. Több kisebb átalakítást követően 1981-ben felépült az A-, majd a B-épület, végül 1986-ban felújításra került a C- épület. Az újonnan megépült kórház 735 ágyával a főváros egyik legszebb és legmodernebb egészségügyi intézménye lett, ahol öt "specializált" belgyógyászati osztály látta el a feladatokat.
1996 nyarán - elsőként a háború után épült újtervezésű, korszerűen berendezett kórházkápolnák sorában - megnyílt az intézmény új kápolnája is.
A fővárosi képviselőtestület 2007. augusztus 30-án hozott döntése értelmében a 110 éves Szent Margit Kórház 2008. január elsejei hatállyal jogutód nélkül megszűnik.
Jelenleg a III. kerületi Óbuda-Békásmegyer önkormányzata erőfeszítéseket tesz az intézmény megmentése érdekében.