Ezzel ellentétben az uniós támogatások odaítélésének és elköltésének szabályosságát egymásra épülő és egymást is ellenőrző, garanciákkal körülbástyázott rendszerek felügyelik. Emiatt a visszaélések legnagyobb része kizárható. Az esetlegesen előforduló szabálytalanságok felderítése Magyarországnak elemi érdeke, hiszen ha az Európai Unió tárja fel a szabálytalanságot, visszaveszi a támogatást.
Az Európai Csalásellenes Hivatal (OLAF) 2006-ban a huszonöt tagállamban 430 ügyet vizsgált, ebből 4 volt magyar szabálytalansági vizsgálat. Az erről szóló jelentés jelenleg is elérhető a szervezet honlapján. A hazánkban vizsgált szabálytalansági ügyek közül egyik sem fejlesztési ügy, mezőgazdasági, vám- és adóügyi kérdéseket vizsgáltak.
A NFÜ a jogszabályok alapján 2006-ban hivatalból 124 ügyben indított vizsgálatot, ezekről részletes jelentésben tájékoztatta az illetékes uniós hatóságokat. A tájékoztatás alapján az OLAF nem tartotta szükségesnek, hogy fejlesztési forrásokkal kapcsolatban külön vizsgálatot rendeljen el. Az NFÜ vizsgálatok az esetek többségében még nem fejeződtek be. Amennyiben kiderül, hogy a szabálytalanságok bűncselekményt jelentenek, a vizsgálatot a hivatal felfüggeszti és az eljárást a rendőrség folytatja le.
Az uniós programok és a hozzájuk kapcsolódó intézményrendszer a magyar gyakorlatban sok esetben szigorúbb ellenőrzés alatt áll, mint az uniós elvárás.
Az első szűrőt a támogatási rendszer felépítése jelenti, ugyanis az uniós támogatások kifizetése mindig utólagos. Csak abban az esetben kapja meg a pénzt a nyertes pályázó, ha szabályszerűen hajtja végre beruházását és erről rendszeres időközönként be is számol.
A hazai ellenőrzési rendszer többszintű.
Első szinten a pályáztatók ellenőrzik a végrehajtási folyamatot. Ez részben a bekért dokumentumok alapján, részben pedig a helyszínen, véletlenszerűen történik.
A második szintet az intézményes ellenőrzési módok jelentik: minden közreműködő szervezetnél is működik belső ellenőrzés, a forrásgazda Nemzeti Fejlesztési Ügynökség pedig szigorúan felügyeli magukat a pályázató szervezeteket is. Ezen felül a Kormányzati Ellenőrzési Hivatal legalább a projektek 5 százalékát ellenőrzi, és erről beszámol az Európai Bizottságnak. A KEHI az irányítási és ellenőrzési rendszerek vizsgálatáról is rendszeresen küld jelentést a brüsszeli bizottságnak.
Végül az Állami Számvevőszék, az Európai Bizottság és az Európai Számvevőszék is vizsgálja az intézményrendszer egészét: a pályáztató szervezeteket, minisztériumokat, az irányítási és ellenőrzési rendszert. Az ellenőrzések célja például az olyan esetek megtalálása, amikor az uniós vagy a hazai jogszabályok megsértésével indokolatlan kifizetések történnek a közösségi vagy a nemzeti költségvetésből.
A tagállamok az OLAF-nak a tízezer eurót meghaladó szabálytalanságot vagy annak gyanúját akkor jelentik, ha egy illetékes közigazgatási vagy bírósági szerv írásban megállapította azt. A bejelentési kötelezettség független attól, hogy a szabálytalanság megállapítása még vitatható, illetve korrigálható-e.
A programok megvalósítása során a közreműködő szervezetek, a Nemzeti Fejlesztési Ügynökség és a Pénzügyminisztérium rendszeresen szabálytalansági jelentéseket készítenek, ezeket negyedévente az OLAF koordinációs iroda összesíti és továbbítja az Unió központjába. A KEHI évente összesíti az elvégzett ellenőrzések eredményeit.
Az uniós tagországoknak is érdeke, hogy maguk tárják föl az esetleges visszásságokat, hiszen ha maga a tagállam fedezi fel és jelenti a szabálytalanság tényét, akkor lehetősége van arra, hogy a pénzt visszakövetelve a szabálytalanul felhasznált összegeket más célokra felhasználja. Ha azonban az EU fedezi fel a szabálytalanságokat, visszakövetelheti a szabálytalanul felhasznált összegeket és ennyivel csökken az ország támogatási összege.