Az idei felhívásokra 3108 pályázat érkezett be, közülük 159 esetben éltek panasszal a pályázók. Az eddig elbírált 125 beadvány közül 46 esetben találták jogosnak a panaszt, azaz a fellebbezők csaknem negyven százaléka megkapta az igényelt támogatást. A panaszok legtöbbször abból adódnak, hogy a pályázók félreértik a pályázati dokumentációt.
Az Európai Uniós társfinanszírozású kiírásoknál 2007-től élhetnek panasszal az elutasított pályázók. A Nemzeti Fejlesztési Ügynökségnél egy külön munkacsoport foglalkozik a panaszos ügyekkel. Hozzájuk lehet fellebbezni az elutasítástól számított öt munkanapon belül. Ők a beérkezéstől számított 30 munkanapon belül döntenek. Ha ezt a döntést nem fogadja el a pályázó, akkor öt munkanapon belül a fejlesztéspolitikáért felelős miniszternél kezdeményezhet felülvizsgálatot.